De stichting is in 2002 opgericht door Frits Hirschstein en Maarten Stoopendaal om met bijdetijdse manieren geld in te zamelen voor onderzoek naar kinderkanker.

De genezingskans was al langere tijd ongeveer 70%, terwijl de overtuiging er was en is dat door de vele beschikbare gen-datagegevens een doorbraak mogelijk zou kunnen zijn. Ook op het gebied van kwaliteit van behandeling valt veel te verbeteren. De chemotherapieën waren en zijn dusdanig zwaar en agressief dat kinderen die vandaag genezen zijn verklaard op latere leeftijd alsnog last van bepaalde orgaanbeschadigingen kunnen krijgen.

KiKa werkt voor alle zeven kinderkankercentra in Nederland. In elk van deze ziekenhuizen ging in 2004 een onderzoek van start. Samen met het KWF Kankerbestrijding is het onderzoeksproject Later van start gegaan. Dit onderzoek is er op gericht therapieën met minder bijwerkingen te bewerkstelligen.